Als im Jahre 313 die christliche Religion zur Staatsreligion erhoben wurde, schloss der byzantinische Kaiser Konstantin offiziell die Baalbektempel. Im Zuge der Christianisierung ließ Theodosios I. im Jahr 380 n. Chr. die Jupiteraltäre zerstören und demonstrativ an ihrer Stelle unter Verwendung des Materials des Tempels eine Basilika aufbauen. Die Reste der drei Apsiden der Basilika, die nach Westen ausgerichtet war, kann man noch im oberen Teil der zum Jupitertempel hinaufführenden Freitreppe sehen. Nach der Eroberung Baalbeks durch die Araber im Jahre 636 bauten die Umaiyaden eine Freitagsmoschee auf dem römischen Forum. Die Tempel wurden in eine Festung verwandelt, arabisch „qalaa“, womit noch heute die Akropolis bezeichnet wird. Während der nächsten Jahrhunderte fiel Baalbek an die Abbaassiden, Tuluniden, Fatimiden und Ayyubiden. Im Kampf gegen die Kreuzfahrer bekam die Tempelanlage strategische Bedeutung und wurde zur Zitadelle umgewandelt.
Ein katastrophales Erdbeben 1170 richtete schwere Verwüstungen an. 1260 überrannten die Mongolen Syrien. Auch Baalbek wurde von ihnen eingenommen und geplündert, erlebte aber in der darauf folgenden Herrschaft der Mameluken Periode der Ruhe und des Wohlstands. 1759 beschädigte ein weiteres Erdbeben große Teile der Anlage. In der Folge wurde sie als Steinbruch genutzt. Der Besuch des Heiligen Landes führte 1898 den deutschen Kaiser Wilhelm II. auch nach Baalbek – Seine Majestät war über alle Maßen beeindruckt. Er veranlasste die Zusammenstellung eines hoch qualifizierten Archäologenteams, welches umgehend die Restaurierungsarbeiten aufnahm, Schutt abtrug und Säulen wieder aufrichtete. An diese architektonische Leistung erinnert eine Gedenktafel im Inneren des Bacchus-Tempels.
Im November 1998 wurde in libanesisch-deutscher Kooperation ein Museum in den Substruktionen (Unterbauten) des Jupitertempels eröffnet. Dr. Margarete van Ess, wissenschaftliche Direktorin der Orient-Abteilung des Deutschen Archäologischen Instituts, betreut bis heute das Projekt federführend. Seit 1984 genießt Baalbek als Welterbe den Schutz der UNESCO.
Die Tempelanlage von Baalbek umfasst die Tempel des Jupiter, des Bacchus und der Venus. Von einem vierten Tempel, dem des Merkur, auf dem Scheich-Abdallah-Hügel sind nur noch die Reste einer Treppe zu sehen.
Die Tempelanlage
Jupiter-Tempel
Das mit Abstand größte Bauwerk, das die Römer je errichteten – die viel gerühmte Akropolis würde über 12mal auf die Fläche passen!
Das Erste, das der Besucher wahrnimmt, sind die sechs korinthischen Säulen des Großen Tempels, d.h. des Jupitertempels, die 22 m hoch in den Himmel ragen und mit ihren Architraven (Querbalken über den Säulen) eine Vorstellung von der Gewaltigkeit der ursprünglichen Anlage vermitteln. Der gesamte Komplex des Tempels umfasst den Eingang, d.h. die Propyläen, den sechseckigen Vorhof, den Großen Hof und schließlich den Jupitertempel selbst.
Die Propyläen wurden in der Mitte des 3. Jh. vollendet. Über die teilweise restaurierte Treppe gelangt man zu einer Reihe von 12 Granitsäulen, die an beiden Seiten von je einem Turm flankiert werden. Über eine Innentreppe kann man die Propyläen besteigen und wird von einer hervorragenden Aussicht belohnt.